Risolto!
Ho tentato la strada proposta da rb, purtroppo con scarso risultato, poichè ad ogni riavvio i settaggi venivano riscritti, inoltre la gestione periferiche del MepisConfig (OS Center) (SimplyMepis 3.3.4.rc1) mi risultava completamente disabilitata. Il file xorg.conf aveva poi un aspetto parzialmente diverso da quello precedente. A questo punto ho ripristinato il precedente file xorg.conf, riottenendo la sitazione di partenza, e lo ho editato, come sotto:
in
#Section "Screen"
#SubSection "Display"
ho sostituito tutti i valori Modes con
#"1280X800"

sempre in
#Section "Screen"
ho premesso alle altre risoluzioni di Option "MetaModes"
#1280x800, 1280x800;
(questa parte forse è necessaria/presente solo se si usa il driver ufficiale NVIDIA)

nella successiva
#Section "Screen"
#SubSection "Display"
ho sostituito ancora il valore Modes con
"1280x800"

Al riavvio la risoluzione è assolutamente perfetta, con la miglior definizione che abbia mai avuto, e anche MepisConfig (OS Center) funziona perfettamente.

Un grazie a tutti per le dritte: mi hanno aiutato un sacco a capire il problema e risolvere