Potresti crearti un array che abbia ad ogni indice una riga:
$array[0] = "Riga 1";
$array[1] = "Riga 2";
ecc...

In questo modo potresti estrarre il carattere X della colonna Y in questo modo:
$carattere = substr($array[Y], X, 1);

O qualcosa del genere...