La cosa e` molto strana, e mi fa pensare ad un'errata interpretazione da parte tua o ad un differente errore/bug di IE.

L'unica cosa che mi sento di poterti consigliare e` di fare una nuova pagina, con solo gli elementi in questione e i CSS minimi indispensabili per replicare l'errore.
Se riesci a ripetere il problema, posta il codice di tale pagina o il suo link.

In alternativa vai sul sito dei bug di IE (non so se esiste, ma immagino che ci sia) e vedi se e` segnalato.