Ho anche io un problema simile e sto smanettando per risolvere la questione.. (Guarda la mia discussione se ti interessa)
"Min-height" bada bene che è la lunghezza minima non la lunghezza massima.
Tenendo questa massima dimensione dell'altezza..
Del resto si intuisce facilmente che "min" sta per minima no?
Con explorer definisci una lunghezza con "height" e lui capisce "min-height": se ha bisogno di spazio maggiore allunga il div oltre la misura minima cha tu hai impostato.
Lo stesso può fare FF e Opera ma col comando "min-height" e non col comando "height" (che fissa l'altezza e da li non ci si muove).
Per risolvere la questione e scrivere un codice comune a tutti i browsers si utilizza questa soluzione..
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Ci stiamo capendo?