Il codice postato va inserito nel tag, se mi concedi la nomenclatura, "code", solitamente ultimo tag dello script di Inno Setup (ovviamente la posizione non è vincolante). In questo tago puoi scrivere le tue funzioni in modo che vengano lanciate dal setup.
La funzione "InitializeSetup()" sarà il tuo main: viene invocata all'avvio dell'istallazione.

Nei vari esempi forniti con il software troverai molte spiegazioni sull'uso del programma: anch'io sono nuovo sull'argomento, ma sono riuscito a realizzare un setup abbastanza soddisfacente, riuscendo anche a realizzare delle logiche di file condivisi.

L'help on line è anche ben fatto e con qualche piccola base d'inglese è semplice da comprendere.

Per avviare programmi alla fine dell'istallazione, se questa è andata a buon fine, e comunque prima dell'ultima slide, quella di "Saluti e baci" per intederci, è posibile avviare alcuni programmi, semplicemente inserendoli nel tag "run" secondo le specifiche della sintassi.

Fino ad ora non ho mai avuto la necessità di utilizzaro, anche se l'idea di avviare l'istallazione della jre non è male come ipotesi, quindi non so dirti molto, ma sulla documentazione è ben descritta la funzionalità.

Inoltre sono certo che è possibile condizionare il processo di istallazione mediante funzioni definite nel tag "code".
Per esempio, dovendo copiare dei file nella cartella bin della jre, che può variare da pc a pc, ho scritto questo codice nel fat "file":

codice:
Source: "JavaComm\win32com.dll"; DestDir: "{code:GetJavaPath}\bin\"; Flags: sharedfile uninsnosharedfileprompt; Components: main
Noterai che il percorso di destinazione è realizzato concatenando \bin\ al risultato di una funzione GetJavaPath

Spero di esserti stato in qualche modo di aiuto.

Ciao