è normale che non sia fattibile

tu vuoi conteggiare TUTTI gli utenti ma nello stesso instante vuoi anche estrarre un SOLO utente

la clausola GROUP BY serve a RAGGRUPPARE le righe di conseguenza, in base a ciò che gli hai detto tu, lui raggruppa le righe in base ad un campo che di per se non ha copie, di conseguenza il count ritorna 1, e poi usi il limit dicendogli di estrarne uno soltanto, di conseguenza ti viene estratta l'ultima riga e, dato che la clausola group by non raggruppa un ciuffolo, viene conteggiato solo quello

potresti usare una soluzione alternativa

ovvero aggiungere un campo UGUALE IN TUTTE LE RIGHE e usi il group by su quello ottenendo cosi un raggruppamento valido

l'unico problema è che non so se a quel punto, con group by, puoi ancora ordinare

però questo dovresti poterlo risolvere cambiando l'ordinamento di default della tabella in DESC per il campo ID

in pratica con la query (che necessita una SOLA esecuzione)

ALTER TABLE phpbb_users ORDER BY user_id DESC

dici a mysql che l'ordinamento di default è decrescente in base a user_id

e poi con la query

SELECT COUNT(*), username FROM phpbb_users GROUP BY campo_finto

dove la colonna campo_finto è una colonna fittizzia, inutilizzata, inserita SOLAMENTE per permettere il raggruppamento di tutte le righe in base ad un discriminatore comune