potresti provare invece che con fopen e fread con file, così:

$sql_file[0] = "prova.sql";
$handle = file( $sql_file[0]);
for ($i=0; $i<=count($handle); $i++)
$query .= $handle[$i];
mysql_query($query, $db_connect) or die("Errore nella query: " . mysql_error());

la funzione FILE legge appunto un file di testo e lo inserisce in un array in cui ogni elemento è una riga del file, poi il ciclo for unisce tutte le righe in una unica stringa.