la mia impressione è che sia il tuo webserver che non riconosce/trasmette il mime type corretto.

Quello che vedo dalle tue headers infatti è che la pagina index ha application/xhtml+xml, ma css e immagini application/x-unknown-content-type.

Copiando e incollando il sorgente della tua pagina nel validator viene correttamente validato come xhtml.1.