comunque ho risolto ....
basta copiare nella wwwroot le classi che mi interessano
ed editare l'html di avvio in questo modo:

<applet
codebase = "."
code = "protocolli.main.class"
name = "TestApplet"
width = "400"
height = "300"
hspace = "0"
vspace = "0"
align = "middle"
archive = "dx.jar, mysql-connector-java-3.1.12-bin.jar"
>

dove in archive vengono specificati i file da dove prendere le classi utilizzate...