Non credo sia un limite dell'array JS (come fa pensare il titolo della discussione), ma un timeout nello scaricamento della pagina.

8000 comuni, pensando a una ventina di caratteri (se va bene) per ogni comune, piu` i caratteri per la gestione dell'array, fa circa 100 Kb: e` un po' troppo per poterlo trasferire in una pagina e soprattutto in un unico file.
Poi nella stessa pagina ci sara` del codice HTML e dell'ulteriore codice JS per la gestione del database.

Fai piu` presto a fare una query specifica una volta scelta la regione o la provincia.