la variabile numero in realtà non ti serve, basta controllare la lunghezza dell'array;

inoltre fai un document.write di qualcosa che fa a sua volta il document.write

sostituisci con questo

codice:
function ppp(parola) {
  splitString = parola.split(" ");

  for(i=0; i<splitString.length; i++){
    document.write("
" + splitString[i]);
  }

}

questo blocco di codice deve andare nel body

codice:
$parola = 'pippo pluto';
echo '<script type="text/javascript">ppp("'.$parola.'")</script>';