Mi rispondo da solo (per i posteri):
Il file audio dv'essere nel formato mp2. Perciò:
codice:
cat Trouble.wav | mp2enc -v 2 -V -o suono.mp2
trasforma il file Trouble.wav in suono.mp2

Dopodiché:
codice:
mplex -v 2 -f 8 -o "/tmp/Unnamed/Main Menu VMGM/menu.mpg" "/tmp/Unnamed/Main Menu VMGM/menu.m2v" "/home/giacomo/suono.mp2"
sembra funzionare!!!