non è tanto un discorso di idee...

php puo essere processato solo dal server, quindi

la pagina che carichi deve essere .php e al caricamento analizzi i valori che gli passi generando l'output necessario, a quel punto gli fai generare anche il js giusto.

esempio

pagina chiamate "prima.htm"
cane

pagina ricevente "seconda.php"

<?php
if($_GET['animale']=='cane'){
?>
<script language="javascript">
alert("hai scelto cane");
</script>
<?php
}else{
?>
<script language="javascript">
alert("non hai scelto cane");
</script>
<?php
}
?>

ekko, questo potrebbe essere un banalissimo esempio.

spero di esserti stato utilie