Come già più volte suggerito, sarebbe ideale inserire lo script in un file esterno e poi richiamarlo nel documento tramite il seguente codice:
codice:
<script type="text/javascript" src="codice.js"></script>
Si eviterebbero interferenze tra le sintassi dei due linguaggi utilizzati.

P.S. Il progetto a cui stai lavorano è nuovo? In caso di risposta affermativa, perchè non stai usando XHTML?