Per fare le sckin sai come puoi fare? Ti prendi il tuo sito e consideri il fatto che tutte le immagini della grafica stanno dentro ad una cartella:
/theme/default
A questo punto decidi di fare un nuovo theme, copi la cartella default ottenendo, per esempio
/theme/nuovo
E poi modifichi le immagini.
Quindi puoi mantenere in un cookie il nome dello theme e in base a quello modifichi il percorso delle immagini.