A dire la verità è un pò strano, però sono certo che la percentuale è riferita all'altezza del blocco che la contiene.

http://www.w3.org/TR/REC-CSS2/visude...def-min-height

Magari hai impostato degli altri valori che vanno in conflitto, prova a postare un pò di codice o meglio ancora una pagina d'esempio.