Reinstallando windows sovrascriveresti l'MBR che punta a lilo o grub. Puoi ripristinarlo in modo piu o meno agevole (dipende dalla distro) usando il disco di installazzione della tua distribuzione riconfigurado solo il boot loader. Non perderesti comunque nessun dato sulla partizione linux. In alternativa potresti installare un bootloader sotto windows (ce ne sono free e a pagamento) e installare lilo o grub interamente sulla partizione di linux.