E` vero che l'anno e` un numero, e che substr() lavora sulle stringhe, ma JS dovrebbe fare il cast automaticamente.

Comunque per fare il cast esplicito:
codice:
var protoc = document.forms['frmAdmin'].PROTOCOLLO_DOP.value;
var anno = String(tempo.getFullYear()).substr(2);
alert(anno);
protoc += "/"+anno;
alert(protoc);
document.forms['frmAdmin'].PROTOCOLLO_DOP.value = protoc;