Ho trovato una soluzione, ma mi manca un pezzo:
con JS come si temporizza una funzione che ha degli argomenti?

Ovvero, aggiornaCountdown non ha argomenti e si temporizza con
codice:
setTimeout('aggiornaCountdown()', 1000)
ma se avesse degli argomenti quale la sarebbe la sintassi?

Fatto quello, il resto è fatto.
Ho generalizzato la funzione inserendo degli id come argomento,
Spostando poi l'handler onLoad nel tag body si richiama la funzione passandole gli id degli span da modificare.