è tutto normale
se tu fai ORIGINAL_ARRAY = ARRAY_VALUE in realtà non lo copi ma crei un oggetto che punta all'altro array... quindi se modifichi uno modifichi anche l'altro.
Se vuoi farti una copia devi farlo con un ciclo
codice:
function CopiaArray(arr){
  var arrx = new Array();
  for(var i=0;i<arr.length;i++)
    arrx[arrx.length]=arr[i]
  return arrx
}

ORIGINAL_ARRAY = CopiaArray(ARRAY_VALUE)