Ancora mi sfugge qualcosa.
A che ti serve chiudere una finestra, per riaprirla uguale (con lo stesso contenuto) ?

Non e` che vuoi semplicemente fare il refresh della finestra popup?
codice:
var premuto = false;
var finestra;

function popUp() {
  if(!premuto) {
    finestra = window.open("page.php","_blank"," width=400,height=300,left=500,top=500,to
olbar=no,  location=no,status=no,menubar=no,scrollb
ars=no,resizable=no");
    premuto = true;
  } else {
    finestra.reload();
  }
}