per forza, non stai facendoci niente con le eventuali percentuali...

codice:
function apriFinestra(theUrl, percSize) {
  width = screen.width*percSize/100;
  height = screen.height*percSize/100;
  window.open(theUrl,'popup','width='+width+',height='+height);
}
dove percSize sarà la percentuale (senza %) e theUrl l'indirizzo della pagina da aprire in popup.