Già è difficile trovare le coordinate dei comuni, pensa quelle delle stazioni.
Fossi in te isolerei da quel database tutte le località liguri per circoscrivere i dati. Quindi cercherei un elenco delle stazioni della liguria e mi metterei a eliminare le località senza stazione. L'approssimazione è abbastanza buona e in una giornata te la cavi.