Per chiamre un file esterno, puoi usare la funzione system:
system (/biotools/analysis-interfaces/run/PatSearch -INPUT=$2 -COMMAND=$4 -OUTPUT=$2.out -NO_TEXT -NO_INFORMATION );

Per stampare a video, puoi usare la funzione print:
print "$variabile ciao ciao \n";

pero` per stampare un file, fai piu` presto ad usare il cat dentro il system