Dipendenza: quando per installare un programma ne serve prima un altro. Ogni pacchetto di un programma indica quali altri sono necessari per l'installazione. Un sistema di gestione dei pacchetti come apt li installa automaticamente in genere.

I programmi: sono composti da binari, librerie, file di configurazione, immagini e altri dati. I file dei vari programmi sono organizzati per le loro funzioni (quelle che ho appena elencato) e non per il programma a cui servono.
E' i sistema di gestione dei pacchetti che si occupa di tener traccia della posizione di tutti questi file, a cosa servono, quando si può cancellarli. ecc.
man hier.