azzzz diverse migliaia!?
cmq sarebbe difficile tramite mod rewrite...potresti convertire tutti gli url in lettere minuscole o tutti in lettere maiuscole o anke in modo 'misto' ma la regola stabilita sarebbe la stessa per tutti i file...xcui tutti dovrebbero avere il nome tutto minuscolo oppure tutto maiuscolo oppure (per esempio) dovrebbero essere tutti minuscolo con il secondo carattere maiuscolo....ti consiglio di crearti uno script php che rinomini automaticamente tutti i file e modifichi i campi del database...