Un esempio di script shell x win semplice per fare il backup è questo:

codice:
@echo off
C:\MySQL\bin\mysqldump --user=tuo_user --password=tua_password NOME_DB > c:/tmp/DB.sql
Dove 'C:\MySQL\bin\mysqldump' è il percorso del mysqldump (metti il tuo percorso) e 'c:/tmp/DB.sql' è il file che salvi.

Crea un file .bat con il codice che ti ho appena postato.
Ogni volta che esegui il file ti crea il backup del db, quindi puoi decidere di lanciarlo all'avvio del server.

Per mettere la data nel nome del file, prova a leggerti un po' di documentazione sulla shell di win, se fosse su linux saprei aiutarti, purtroppo su win non conosco i comandi per la programmazione da shell.