E' semplice. Le DTD non sono altro che le "regole" che una pagina deve seguire per essere aderente allo standard di quella particolare DTD.

Le DTD HTML accettano tutto quello che generalmente è accettato in HTML, ovvero tag e attributi di presentazione possono mescolarsi ai tag per il markup dei contenuti.

XHTML è una ridefinizione di HTML secondo i più rigidi principi dell'XML. Inoltre, per ritornare al vero scopo per cui nacque HTML, l'XHTML focalizza il suo ruolo di linguaggio di markup per i soli contenuti, contribuendo ad enfatizzare il significato semantico della pagina (i titoli per es. sono "titoli" perché contrassegnati dai tag <h1>, <h2>, ecc., mentre con i layout a tabelle era tutto inserito in anonime celle, prive di funzione semantica).

A questo punto, si capisce che XHTML delega ai CSS il compito di "presentare" i contenuti della pagina. Tuttavia, per facilitare il processo di "passaggio" (o meglio, di transizione) dei siti web "vecchi" verso i nuovi standard, sono nate diverse DTD XHTML.

la DTD Transitional nasce appunto per facilitare queste "operazioni di passaggio" ed è per questo utile soprattutto per siti già esistenti. Per questo motivo ammette alcuni tag e attributi di presentazione, come anche il tag <iframe>.

La DTD Strict (versione 1.0) è più "rigida" e non ammette cose come target, font, align, bgcolor, background, iframe, ecc.

Esiste anche la DTD XHTML 1.0 Frameset che, come dice il nome, va usata in presenza di frames (cioè quando non esiste un elemento body).

Infine c'è la DTD XHTML 1.1 che è praticamente puro XML. Non sono ammessi tag e attributi di presentazione di nessun tipo!

Per farti un esempio (non l'ho guardata ma vado a intuito), nella DTD XHTML 1.0 Transitional l'attributo target per i link è probabilmente dichiarato #IMPLIED (facoltativo).
Nella DTD 1.0 Strict invece non compare nemmeno nella lista di attributi del tag <a> perché non è accettato.

Se vuoi, puoi scaricarti i file delle DTD dal sito W3C (http://www.w3.org). Basta che segui l'URI che trovi in tutte le dichiarazioni di doctype. Il file DTD non è altro che un file di testo con le specifiche del linguaggio.

Per le guide, basta che fai una ricerca. Anche in html.it ce ne sono di ben fatte.