Ogni tanto un copia e incolla risolve la vita, leggi qua.

"La formattazione a basso livello organizza i piatti del disco fisso negli elementi fisici fondamentali: tracce, settori e cilindri. Le tracce sono percorsi circolari rappresentabili con dei cerchi concentrici, presenti su ogni faccia di ciascun piatto. Si è soliti individuare ciscuna traccia con un numero a partire dalla traccia zero sita sul bordo esterno.
L'insieme di tracce che si trova alla stessa distanza dal centro (ovvero con lo stesso numero) su tutti i lati di tutti i piatti viene chiamato cilindro. Questo ulteriore raggruppamento non vuole solo rappresentare un'inutile complicazione mentale, bensì un comodo strumento tant'è che molto spesso l'hardware ed il software del computer fanno riferimento direttamente a questi ultimi.

Sottoinsiemi delle tracce sono invece i settori; queste aree sono utilizzate per memorizzare una quantità fissa di dati. I settori sono di solito formattati per contenere 512 byte di dati.
I supporti magnetici, per quanto affidabili, non garantiscono, come si diceva, a vita la permanenza delle informazioni memorizzate: in alcuni casi pertanto accade che la superficie si deteriori presentando settori danneggiati. Quando si verifica un problema del genere la miglior cosa da fare è effettuare un backup del contenuto e formattare a basso livello il disco rigido. Questa operazione, infatti, è in grado di ripristinare tali settori difettosi o di classificarli definitivamente come settori da non usare."

All' uopo le case costruttrici di HD forniscono quasi tutte delle utilità da utilizzare al boot.
I più comuni:

http://www.hgst.com/hdd/support/download.htm
http://support.wdc.com/download/#dlgtools
http://www.maxtor.com/en/support/downloads/powermax.htm
http://www.fcpa.com/download/hard-drives/
http://www.seagate.com/support/seatools/index.html
http://www.samsung.com/Products/Hard...ive/utilities/