MS SQL
A pagamento ... ma parecchio
Più potente ... ma parecchio

MySql
Free
Ottimo per il web e più facile da trovare presso un Hoster
Open Source
In teoria più facile reperire consigli perchè più utilizzato per il web ... in pratica no vedi me

Queste sono le cose che vengono in mente a me ... in più ci sono delle differenze di sql e alcune funzioni in meno in MySql. Con la versione 5.0 alcune lacune sono state coperte (trigger, stored procedures, views).

Cia'