Ciao. Io uso wine, winetools e ie6 su fedora core 4 senza troppi problemi.
Quale versioni hai?
io ho wine 0.9.2 e winetools 0.9 (istallati da rpm).
Dopo aver istallato i 2 rpm, ho lanciato wt da riga di comando, come utente semplice; a questo punto ho seguito l'elenco di WineTools, e cioè:

Base setup
> Create a fake windows drive
> True type font arial
> DCOM98
> MFC4.x
> Internet Explorer 6 sp1 italian

A questo punto ie6 già funziona regolarmente, insieme a oe6 e wmp. Io ho anche istallato il plugin di flash (versione 7, dato che con la 8 ie non parte più)

ho inoltre istallato:

Windows system software
> Windows installer
> Visual Basic 5 Runtime
> Visual Basic 6 Runtime
> Visual C++ Runtime English
> Windows Script 5.6 Italian
> Common Control

True Type Fonts (tutti)

Inoltre ho aggiunto a mano DVDShrink3.2 e Libero6x

Tutto funziona bene, ma l'ordine con cui istalli le cose è determinante per il corretto funzionamento.