Se la tua azienda hosta direttamente il sito con ocommerce e quindi ha un server con un apache + mysql installati tu devi pagare la licenza per essere in regola, allo stesso modo in cui devi pagare la licenza (ad esempio) di window 2k3 server.
Se invece suddetto sito è hostato da un'altro provider che ti mette a disposizione spazio + servizio mysql (es. aruba) in questo caso PROBABILMENTE il provider avrà pagato la licenza di mysql (e anche di tutto gli altri software installati sul server).

Originariamente inviato da old school
cmq MS SQL è più potente in che senso? è solo più veloce o ha più funzioni?

e poi il modo di programmare è lo stesso?
tecnicamente non so, pero' sicuramente ms sql (enterprise) gira meglio quando c'è una mole di dati elevata.
Pero' parlo solo per sentito dire.. ad esempio se chiedi a chiunque ti dirà che oracle è il DB per PC + potente in commercio .... non so tecnicamente cosa cambi (probabilmente tutto il modo in cui son progettati i cursori gli indici etc), pero' mi fido .
Se stai decidendo che DB utilizzare per le tue applicazioni ti consiglio caldamente Postgres, che come potenza è nettamente superiore a mysql (sempre per sentito dire ^^ ) ed è COMPLETAMENTE free .
A livello di programmazione hai sicuramente delle differenze, sia a livello di PHP (devi utilizzare le funzioni mssql) ma sopratutto ci sono delle piccole differenze a livello di SQL. Se cerchi in rete cose + specifiche troverai sicuramente molto materiale.