Allora, per usare qsort devi definire una funzione comparatrice e passarla a qsort, quindi:
codice:
typedef struct
{
  int id;
  int qta;
  int id_negozio;
}stat_t;

int compare (const void * a, const void * b)
{
  return (((stat_t*)a)->qta - ((stat_t*)a)->qta);
}

int main()
{
  stat_t statistiche[72];
  //...
  qsort(statistiche, 72, sizeof(stat_t), compare);
  //...
}
Una cosa del genere dovrebbe funzionare