Sarebbe più corretto nel tag <body> con l'onload, perché onload è un gestore di evento che viene richiamato quando la pagina è stata completamente caricata (e quindi tutti gli oggetti al suo interno esistono).

L'alternativa è usare lo script in fondo alla pagina, subito prima di chiudere il tag <body>

codice:
<script type="text/javascript">
document.NOME_FORM.NOME_CAMPO.focus();
</script>
In questo modo, il tag <input> interessato esiste già e lo script non andrà in errore.

Posso farti una domanda io ora? Ho visto molto spesso che la gente usa le inclusioni lato server...immagino sia quello che hai fatto anche tu con un include (dove includi il file che ti interessa nel corpo della pagina).
Ma perché nessuno usa le classi PHP? Io mi ci trovo benissimo...ho il mio file con tutte le funzioni della classe che generano testata, menu, e piè di pagina...la richiamo in tutte le pagine e trovo la cosa molto più flessibile, dato che posso modificare i singoli tag come <body> e i contenuti della head in base a parametri, ecc.
Insomma, trovo più comodo usare una classe e istanziarla nelle pagine.
Nulla contro le inclusioni...era solo per capire come mai non ho mai incontrato nessuno che usa le classi...