Dopo un po' di smanettamenti ho trovato l'arcano.. assurdo..
Praticamente non so che cavolo succeda, ma è successo a molti.
Java deve abilitare l'esecuzione per le applet esplicitamente per i diversi tipi di browser. Non lo aveva abilitato per mozilla/netscape e quando cercavo di attivarlo mi diceva che era impossibile (firefox aveva comunque tutti i plugin java disponibili). In poche parole ho scaricato di nuovo firefox e l'ho sovrascritto con la nuova installazione. Magicamente tutto si è messo a funzionare