ma non erano 3 gli array?

Comunque sbagli la sintassi o il modo di ragionare... devi pushare l'array altrimenti è normalissimo che ti veda gli undefined.

prova così:

aNomeCartelle2.push(caricaXml.childNodes[0].childNodes[i].attributes.nome);

...vedrai che funzia


P.S: senza ripetere tutto quel code x navigare i nodi dell'XML ,ti consiglio di assegnarlo ad una variabile...