Se i tuoi id sono tipo contatore devi fare un algoritmo che confronta gli id della tua tabella con quelli generati da te. Mi spiego meglio, fai una select e ti selezioni tutti gli id della tua tabella e la ordini in modo crescente, poi prendi una variabile la inizializzi a zero($i=0) e la metti in un ciclo while($ì==$row['id]){
$i++;
}
quando uscirai dal while avrai il tuo prossimo id, ordinato, quindi anche se ci sarà una cancellazione un id nuovo prenderà sempre il posto di un id mancante. Spero di esserti stato d'aiuto