Il fatto è che, secondo me, dipenda da chi e come dovrà utilizzare il backup per l'eventuale ripristino del db.
Se hai un'interfaccia che, lato amministratore, effettua backup e in caso di necessità ripristina i dati, è magari meglio il mysqldump.
Se invece sei te 'sistemista' che smanetti da file system ripristini la cartella e via....
Poi riguardo alla sicurezza di un metodo rispetto all'altro x l'integrità del dump prodotto non so...