qualche file rimane sempre in sospeso con la versione piu vecchia ( non aggiornato ) ma non è un problema

se dai i soliti dpkg --configure -a e apt-get -f install in genere risolve quasi tutto

per fglrx controlla che kernel hai in uso e controlla che abbia finito di aggiornarti xorg
con l'ultimo xorg anchio ho dovuto reinstallare i driver nvidia perche dava qualche problema