Certo che si può fare. Devi usare una gerarchia.
Tutorial o script non ne conosco però la realizzazione è veramente semplicissima. Ti spiego in breve cosa fare:

1) Crei una tabella dove memorizzerai le regioni, le province e le città ed aggiungi un campo per indicare che tipo è (es 0 = regione; 1=provincia; 2=città) ed un altro campo per indicare di cosa fa parte (in pratica per il nome della provincia inserisci l'id della regione in cui si trova la provincia mentre per le città inserisci l'id della provincia in cui si trova la città)
2) Crei un'altra tabella dove memorizzerai i negozi. Questa tabella avrà anche un campo dove memorizzerai l'id della città in cui si trova il negozio.

Facendo delle semplici query riuscirai ad ottenere tutto ciò che ti serve. Se poi utilizzi js riuscirai anche a rendere il processo molto più veloce! Ciao!