Aspetta! Sono due cose diverse! Per disporre gli oggetti sulla pagina si usa cmq l'html mentre il php è per l'elaborazione di dati e per l'esecuzione di altre procedure (rilevamento sessioni, ridimensionamento immagini, ecc.).

La progettazione grafica è staccata dalla progettazione dell'applicazione. Le due cose vengono fuse solo in un secondo momento o cmq il php viene inserito dopo che è stata progettata la pagina in html. Poi ci sono vari metodi di approccio: si può usare un template engine, si può inserire il codice php direttamente nella pagina html (però l'estensione cambia da html a php), si possono creare funzioni che generino il codice html in automatico, ecc. ma si parte sempre da una struttura "fissa" in html generata a parte.
Una volta che lo script è stato creato, però, a seconda del metodo che è stato utilizzato, sarà più o meno facile modificare la grafica, se parlaimo di grafica. Se invece parliamo di codice php il discorso è diverso: lì devi metterti con la santa pazienza e modificare il codice a mano dopo averlo capito (e ti assicuro che molto spesso non è una cosa semplice!).