Puoi usare pkzip dalla riga di comando
Ad es.

Pkzip –a backups.zip “C:\My Documents\review.doc” C:\temp\game.exe

crea un file backups.zip e comprime i 2 file al suo interno
Potresti fare

codice:
cd nomecartella
pkzip -a backup.zip *.*
Per altre info vedi qui http://www.practicalpc.co.uk/computi.../pkzip_dos.htm