secondo me dovresti salvarli separatamente senza audio, o meglio , estrai l'audio da uno e dall'altro e li trasformi entrambi nello stesso formato (per es. mp3)
poi li riunisci al loro video e solo a questo punto agganci uno all'altro.

anche in questa guida infatti dice: http://www.dreamvideo.it/editing/unire_avi_virdub14.htm
dice:"ATTENZIONE: i file AVI che volete unire devono avere le stesse caratteristiche, cioè la stessa risoluzione del fotogramma, lo stesso numero di frame al secondo, la stessa compressione, lo stesso tipo di audio, lo stesso interlave, ecc..."

quindi li devi in pratica rendere prima uguali...poi puoi legarli