il metodo piu' comune consiste nel fare l'upload nel server del file (devi fare un form particolare, su google "php upload file" trovi pacchi di esempi). Una volta fatto questo nel database non fai altro che salvare il percorso del file, quindi non salvi fisicamente il documento ma una stringa di riferimento.
Altrimenti ci sono dei metodi per trasfrormare un file binario di qualsiasi tipo in uno stringone da passare al db. Sinceramente non ho mai provato questa strada ma penso che presenti dei limiti dati dalla dimensione del file.