Era proprio come avevo detto, la tabella bloccava l'output su Explorer.
Ora fa proprio come volevo io.
Per chi fosse interssato a questa cosa post un esempio:

codice:
ob_start();
for( $i=0; $i<1000; $i++ ){
... molte operazioni
echo '
Riga ',$i;
ob_flush(); 
flush();
}
Se ci sono tabelle o div, Internet Explorer non le stampa a video fino a quando i tag sono chiusi, quindi se vi serve una cosa del genere non usate le tabelle e i div.