premetto che il make uninstall in effetti non funziona sempre: dipende se nel Makefile sono state messe le istruzioni per disinstallare.
Tuttavia nella maggior parte dei casi va.
Non ho mai installato apache da sorgenti, ma visto il progetto suppongo che il Makefile sia fatto a dovere.

Ti consiglio per prima cosa di verificare nel readme dell'installazione, di solito sono riportate tutte le info in merito.
Altro tentativo che ti consiglio è di provare a fare la ricompilazione del pacchetto, config e make, poi invece del make install dai un make uninstall (nel caso per qualche motivo i file di installazione non fossero più presenti questo dovrebbe risolvere il tuo problema).