beh... io ho provato il tuo codice e funziona.
nella popup si vede la scritta "finito"
le scritte prima non faccio in tempo a vederle perché sono 3 e va veloce
codice:
<script>incrementale(1)</script>
<script>incrementale(2009)</script>
<script>incrementale(3009)</script>
<script>incrementale('finito')</script>
ho commentato un po' di codice per far andare tutto il ciclo for
codice:
<%
Response.Buffer=0
%><html><head>
<script language='javascript'> 
<!--// 
var myFloater = window.open('popup.htm','myWindow','scrollbars=no,status=no,width=200,height=100') 

function incrementale(runOnce) { 
  if (runOnce == 1) { 
    myFloater.document.getElementById("pippo").innerHTML = "<font color=#000000>ATTENDERE PREGO....</font>" ; 
  } else { 
    myFloater.document.getElementById("pippo").innerHTML = "<font color=#000000>" + runOnce +"</font>"; 
  } 
} 
//--> 
</script> 
</head> 

<body> 
<% 
Dim counter 
counter = 0 
giro = 10 
splitVal = 1000 
for i = 1 to 3000 
'	if (i mod splitVal) = 0 then 
'		if counter = 0 then 
'			response.write "<script>incrementale(1)</script>" 
'			counter = 999 
'		else 
			response.write "<script>incrementale(" & giro & ")</script>" 
'		end if 
'	end if 
	giro = giro + 1 
next 
response.write "<script>incrementale('finito')</script>" 
%></body></html>
si vedono i numeri correre

p.s.
se non metti Response.Buffer=0 tutto il codice della pagina verrà mandato al client quando l'asp avrà finito di lavorare, perciò vedrai solo la scritta finito