Da quello che ho capito, quindi, operi sulla tabella online.
Dunque, per prima cosa l'ora di ingresso va memorizzata nel formato timestamp in un campo varchar.

Quando fai il refresh non fai niente. Quando, invece, un utente clicca sul link aggiungi alla fine del link, magari, una var che ti indichi che quello non è un refresh ma il click su di un link.

il refresh lo fai con la funzione header:

header( 'Location: pagina.php' ) ;

il link, invece, sarà così

pagina.php?l=y

Ho usato delle vars fittizie che puoi modificare a piacere.

Cmq in ogni pagina inclusi un controllo di questo tipo (mi baso sulle var che ho usato nell'esempio):

Codice PHP:
if ( isset( $_GET['l'] ) && $_GET['l'] == 'y' )
  {
    // E' un link e quindi aggiorno
    qui il codice per aggiornare l'ora
  } 
Spero di essere stato chiaro! Se così non fosse dimmelo che cerco di spiegarti meglio come funziona! Ciao!