Ciao,
innanzi tutto credo che questo potrà esserti MOOOOOOOOLTO utile

Charset

Potrei spiegarti come funziona tutto ma in pratica ti farei il riassunto di queste pagine.

Comunque nel my.ini dovresti aggiungere questa riga

default_character_set=utf8
solo che questo vorrebbe dire andare a modificare la configurazione del server stesso (e non credo sia sempre consigliabile)

Soluzione alternativa...

Effettuata la connessione al database esegui per prima cosa questa query

SET NAMES utf8
In pratica ottieni lo stesso risultato che con la modifica del my.ini ma che vale solo per la sessione corrente

Vedrai che avverrà la magia

Credo che questa funzione però la puoi utilizzare solo con il mysql 4.1.. non ne sono sicurissimo

Fammi sapere se è tutto ok

P.S. Ovviamente i campi che sono stati inseriti con la codifica "strana" rimarranno così e ti verranno visualizzati, nel tuo applicativo, come in phpmyadmin. Devi ricaricarli tutti.

Ciao ciao