La domanda non rientra nell'ambito dei sistemi di scripting lato client.

Infatti JS (lato client) non ha il permesso di aprire applicativi non previsti dal browser, e neppure di accedere a file del filesystem.
Se puoi limitare il browser, puoi vedere se con IE (protezione bassa) e` possibile usare VBS per fare quello che chiedi (il riferimento e` il sito MSDN).

Altrimenti stai usando una tecnologia non adatta per il tuo scopo: il browser e` fatto per accedere ad informazioni in rete (internet o intranet), non per far partire applicativi locali.